雲林縣莿桐鄉位在嘉南平原北方，沒有山的遮掩，夏天來臨時，到處發燙，每逢四、五月英姿挺拔，婀娜娉婷的莿桐花，滿樹嫣紅，亮麗耀眼像極了鄉民熱情的個性。

莿桐國小民國九年初創時，稱西螺公學校莿桐巷分校，翌年獨立，由於行政區劃歸屬幾經變更，民國五十七年實施九年國民教育，校名改稱雲林縣莿桐鄉莿桐國民小學。

莿桐國小校徽，以象徵鄉里的莿桐花為圖騰，校長林秀桂提出以「紅花」、「綠葉」凸顯深遠的教育意涵，由老師陳佩菁整理，委請老師賴永偉設計。

「三葉桐花瓣」：明示教育內容倫理、民主、科學三者不可偏廢，也期許學子智、仁、勇三達德要兼顧，火焰般的桐花象徵孩童們的無限活力，也意味著前途光明燦爛。

「兩片莿桐葉」：象徵兩性平權，受教機會均等，也意涵莿桐葉茂枝繁，代代相傳，永續經營的理念，盎然綠意說明了學子們在教師呵護下必能成長茁壯。

「五根花蕊」：展現多元學習的教育理念，強調德、智、體、群、美五育均衡發展的全人教育目標。

「一個大圓框」：藍色圓框象徵以學校教育，實現自我，圓融群己關係。創校年代，左右對稱，置於兩旁，上方以端莊楷書，下方以英文標示校名，殷殷期盼學子們，立足莿桐，胸懷雲林，放眼國際開創偉大格局。