不過，不少民眾還是會對流感疫苗的安全性打上問號？其實，一般而言，流感疫苗是安全有效的，近年來，由於免疫學及分子生物學在研究技術領域中的更上一層樓，讓上市的流感疫苗安全性也愈來愈高了。

不過，由於目前流感疫苗仍是取自於雞胚胎生長的流感病毒，在疫苗的生產與製造過程，仍會有其風險存在。因此目前世界各國的科學家也在積極努力，希望未來製造流感疫苗的技術可以更上一層樓，不再用雞蛋來培養病毒，而是改以其他細胞作流感病毒培養，如此一來，不但手續較簡便，可增加生產量，同時疫苗也將會更安全有效。

1976年，美國曾生產豬流感疫苗讓民眾接種，有相當多的民眾，在接種疫苗後發生神經方面的副作用，但直到目前，都還不清楚它的原因為何。今年的新型流感疫苗與美國1976年的疫苗一樣會有豬流感病毒，所以世界衛生組織相當重視今年所使用的H1N1流感病毒疫苗的安全性。

世界衛生組織曾於去年六月中召集專家們討論，初步認為今年的流感疫苗仍是安全有效，不過，要求各國加強主動監測，一旦有副作用發生要盡速通報。

自從國內開始施打流感疫苗以來，發生數起疑似因接種新型流感疫苗而引發的副作用，造成民眾內心的緊張與疑慮，站在公共衛生角度來看，相關單位更不應掉以輕心，要以更積極的態度來主動介入調查，了解個中的真正原因為何，才能解除普羅大眾心中對流感疫苗的疑慮與擔憂。