由於停課班級不少，讓學期段考該怎麼考成為一大難題。為此，教育部中部辦公室邀集校長代表研商因應方案達成決議，以「同步考試」為原則，但校方可視情況自己決定是否延後考試。

由於各校做法不盡相同，因此教育部希望學校能建立一套「學生學習成績考查協調機制」，若學校停課班級過多或有個案爭議，建議校方先召開學生成績處理協調會，共同研商學生的成績計算方式。

考量停課會導致學習進度落後，教育部中辦表示，段考命題應兼顧難易度並重新制定考試範圍；若考試因疫情一再延期，可能影響下次段考日期時，建議學校仍依原訂日期舉行考試，等到停課班級恢復上課後，再根據實際教學進度來擇期補考，或採取減少段考次數、縮小考試範圍等因應方式。