飛沙國小所在的四湖鄉，位於雲林縣最西端，遠在明朝崇禎時代，就有福建省樟、泉二州移民來此開墾田園，興設文教。因四面皆屬天然湖泊，故先民將此部落命名為四湖，沿用於今。

校長蔡華博表示，學校所屬部落飛沙地區，春、夏二季多吹南風，氣候溫和；秋、冬季，北風怒吼，加上海面無阻，陸地一片荒涼，草木難存。北風席捲細沙飛舞，雙眼難睜，站立不穩，伸手不見五指，此乃飛沙地名之由來。近年來政府進行農地重畫，推廣造林綠化後，昔日風沙景觀已不復見。

飛沙國小初創於民國十年，校徽是已退休主任王玉盤設計，以校名、燕子、色彩凸顯教育理念。五隻燕子代表學區：飛沙、飛東、三姓、溪尾四鄰、頂飛沙，五個部落，也象徵德、智、體、群、美五育均衡。

燕子是世界上飛得最快的生物（針尾雨燕時速二四○公里），以燕子做為校徽圖騰，是希望學子要如燕子般，飛得更快、更高、更遠。

深藍色的燕子給人感覺平和穩健，黑色邊線則是雄壯、勇往直前的象徵；大小同心圓，搭配多層的「藍天綠地」造型：代表蔚藍天空無限廣闊任憑翱翔，正如學海無涯，以志為梯一樣。綠色大地，象徵學子們盎然的生機與光明前程。

鑲嵌圓心的紅色校名「飛」字，象徵師生熱情如熾熱的火燄，亦有吉祥如意，校運昌隆之意涵。大圓與小圓代表師生和諧同心，處事圓滿、做人圓通，萬事無礙之意。