據史書記載，隋煬帝對佛教篤信不移，得知靜琬法師刻經一事後，賜予舍利以為表彰。因當時戰事頻頻，靜琬法師深怕舍利遭劫，而將舍利供奉雷音洞中。千年後的明朝萬歷二十年（一五九二年）五月十二日，達觀法師到雲居寺，率侍者整理雷音洞時，發生了「光燦岩壑，風雷動地」的異象。他在墊平洞中拜石時發現下有地穴，穴中藏有石函，內有隋大業十二年埋下的佛舍利三枚。佛寶出世，轟動朝野，慈聖太后下旨將舍利迎入宮中，供養三日後重新供奉雷音洞。

一九八一年，中國社會科學院研究生院羅炤，在石經山施茶亭遺址明代的碑文中，發現雷音洞在明代出土過佛舍利。十一月二十六日，原房山縣雲居寺文物保管所工作人員在清理石經山雷音洞地面時，在拜石發現了明代庋藏佛舍利石函。把石函運到雲居寺之後，打開依次是隋青石函、明漢白玉函、隋銀函、羊脂玉函，在羊脂玉函裡發現了兩枚狀如紅色粟米的佛舍利。