「菸害防制法」第四條修正條文，將菸捐從現行每包十元調高為二十元，預期菸捐可為健保帶來一百八十億元收入，以專款專用方式打擊菸品走私，補助提升國民健康方案及補助國民健保費，可謂立意良善。

惟菸捐開徵方式和查緝逃稅始終敲不定，再加上民國九十五年第一次開徵菸品健康福利捐時，以補繳方式產生溢繳之五億元尚不知如何處置，使得第二次菸品健康福利捐開徵日期無法敲定。

為了避免菸品健康福利捐調漲後，造成業者囤積舊菸獲取不當價差、引發社會負面觀感。衛生署曾多次與行政院消保會、公平會、財政部等相關部會研議後續因應事宜，惜礙於各界見解不同，遲遲無法定案。

菸品健康捐課徵時點之成為議題，係因政府擔心業者在健康捐調漲前提早囤積，事後獲得暴利且不配合將庫存菸捐上繳國庫。

因消費者在意的不是付多少健康捐，而是業者是否因此獲得利益。所以政府不論採取由業者清點庫存上繳的方式，或採取黏貼標籤的方式，都會獲得消費者支持，所不同的是那一種方式爭議較少而已。

由於菸品健康福利捐準用於菸酒稅及消費稅有關應徵等規定，銷售端並無「補徵」的依據及義務。菸酒稅法第二十二條之一之規定，納稅義務人為製造商或進口商。基於租稅法，無法強制通路商配合，只能由通路商自願清點庫存上繳。此外，一些小通路商，實際執行是有困難的。

健康捐屬於消費稅，義務發生時點為消費時由消費者負擔，並不因菸品進口或出廠時點而不同。問題在於課徵時點係於菸品進口或出廠時代為徵收，所以在健康捐調漲時，就會造成政府短徵。

所以若是由業者自行清點庫存上繳，代替政府「補徵」，就不會有新舊制菸品價差問題。

有關健康捐課徵時點的問題，其實是課徵機制而非健康捐性質的問題。健康捐隨同菸酒稅徵收，只是為了方便，健康捐義務仍在消費時才發生。

如果因為這個機制的缺陷造成健康捐調漲時稅收短缺，業者願意透過清算庫存的方式，上繳給國庫，協助政府補徵短缺的健康捐是最好了。

事實上，業者如不配合將庫存菸捐上繳國庫，並無須負擔任何法律責任。

區分新舊制菸品販售，因為台灣菸酒公司、四大菸商以及各大通路商皆有建置庫存資訊系統，清點庫存沒問題，這部分可以掌握到百分之八十五至九十的庫存。

但其餘沒庫存資訊系統的小型業者，可能無法配合，對同品項卻以不同價格販售，對合法廠商不公平。如果此一方案確定之後，希望可以公告沒庫存資訊系統的業者、但有配合清點上繳之廠商讓社會大眾知道。

菸品健康福利捐調漲，為走私提供了誘因，因此對私菸及逃漏稅，有關部門應擴大稽查，增加稽查頻率，強力抑制走私等不法行為。