產業界近年流行一種說法：「三流企業賣產品，二流企業賣技術，一流企業賣專利，超級企業賣標準。」知識產權制度的保護是鼓勵創造發明、技術創新的重要措施。後工業革命時期，經濟發展已經不再是單純的生產導向，先進國家更重視的是知識產權，及衍生出的專利、商標等周邊利益，台灣在二○○○年政黨輪替後，政府也以發展知識經濟作為施政重點。

WTO知識產權保護（Trade-related aspects of intellectual property rights，TRIPs），是由美國代表於一九八七年十月在烏拉圭回合談判中，提出有關知識產權規範的談判，得到歐洲共體成員國、加拿大、日本、澳洲等先進國家的支持，但多數發展中國家原先表示不能接受，不過基於政治考量，及從發展本國經濟、利用外資、引進技術，及改善對外經濟技術合作的長期利益目標著眼，最後轉向支持。

一九八九年四月關貿總協定成員的部長們，就知識產權談判達成原則協定，各國還同意談判應考慮各國的政策目標，並強調通過多邊程式解決知識產權爭端，緩和知識產權問題上的分歧意見。一九九一年十二月，各國在日內瓦達成了「與貿易有關的知識產權包括冒牌貨貿易協定」草案，並於一九九五年七月一日正式生效；協定的宗旨確定為加強對知識產權實行有效和充分的保護，並確保實施知識產權的措施和程式不會成為貿易障礙，從此國際上認定知識產權是私有權利，未經權利人許可的使用就構成侵權。

TRIPs協議中對於版權、商標、專利、積體電路設計保護、對未披露過的資訊保護、對限制性競爭行為的控制等知識產權的效力、範圍及利用標準有明確規範，是目前世界上對知識產權保護最嚴格的國際條約，從長遠看，它是世界大市場的一部重要的公平競爭法，對人類社會物質文明的進步有重大意義。

由於兩岸在加入WTO時，均未引用WTO協議第十三條的「排除條款」，即兩岸入世後應適用TRIPs，入世後兩岸知識產權的保護與爭議愈來愈多，半年前，台積電在美國控告上海中芯國際半導體公司侵權，掀開兩岸知識產權保護戰，同時，大陸已對台進口產品展開五次反傾銷調查，未來將會出現更多的摩擦。

隨著兩岸經貿往來的發展與政策的開放，兩岸的專利與商標等知識產權相互申請案件，也相對增加。一九八九年起，大陸允許台灣民眾或企業申請專利與商標，台灣在一九九四年也開放大陸申請專利與商標，在大陸批准的境外專利申請排名上，台灣一直高居前三位，在批准的商標申請排名上，一直居第二位。

由於兩岸並沒有知識產權的協議，貿易爭端的解決採取了民間協商，與以WTO作為平台處理的雙重模式。即使同屬WTO架構下，兩岸對如何執行智慧財產權保護仍各自表述，大陸主張遵照WTO的原則，由兩岸進行協商與解決爭端，台灣則主張以WTO作為平台進行協商解決。

兩岸知識產權糾紛以侵犯著作權最普遍，一般通過兩岸民間法律機構處理，但遠不能滿足、適應兩岸經貿形勢與知識產權保護的需要。為保護兩岸知識產權、維護兩岸人民的利益，兩岸有關部門應設立專門處理機構，而實務上，民間基金會或相關組織可能有更寬的發展空間。