螢光現象發生在自然界很多地方，除了礦物螢石和方解石外，極光也是太空中的螢光現象。至於動物中的螢光現象更是常見，像螢火蟲就會利用自身發光細胞的生化反應，來產生肉眼可見的螢光，螢火蟲會用它來傳達訊息並求偶，這種生物性的發光現象我們稱之為「生物螢光」。

除螢火蟲外，尚有許多其他的生物可發出生物螢光，例如原生動物、真菌、甲殼類生物、昆蟲、烏賊、水母、低等植物以及細菌等。這些發光的生物中，有的是靠自身細胞的生化反應而發光，有些則是靠共生的細菌來發光。

在海洋生物水母Aequorea victoria中，科學家將牠體內的「水母發光蛋白」分離出來，用於觀察細胞內特定離子的流動。水母發光蛋白的發現，也推動了人們進一步研究海洋水母，並發現「綠色螢光蛋白」；它可在紫外線的照射下發出穩定的綠色螢光，目前已成為人類進行生物分子或基因探測的重要工具。