玄高禪師，是後秦人，出生時，家裡傳出異香，滿室輝明。由於高師的宿慧，領悟正法的能力特別強，到了十五歲時，已經能給山僧說法了。受戒以後，他專修禪律，不久，開始了他的遊訪參學。
當時浮馱跋陀禪師在關中石羊寺弘法，高師聽了就前往事以師禮，他在十天內妙通禪法，浮馱跋陀禪師讚嘆不已，並且謙卑的推辭不肯接受師禮。
河北林陽堂山是群仙所居住的地方，高師率三百多位門人在那裡建造了山舍，精進的修學，河南王禮請高師出山。高師答應請求，正要出山，突然山崩石塌草折木斷，阻塞了道路。高師知道是山中仙人不肯讓他離開，遂對高空說：「我誓志弘道，豈得滯予！」不久，風自然而息，路自然而開。
返回河南時，群民在道旁歡迎，並推崇其為國師，於是他便在河南進行弘化。之後繼續前往涼土遊化。高師抵達平城弘法，拓跋燾的太子拓跋晃尊崇為師。這位太子正被讒，受父親懷疑，他把這事告訴了高師，請求解救，高師命他作金光明齋七日懇懺，這才使拓跋燾減除了疑心。他更進一步的下詔獎勵功臣，制訂文教，授皇太子大權。
因為太子晃被授予這樣大的權力了，使拓跋燾最寵信的道士崔皓寇天師忌恨起來，這時玄高禪師已經預知此難了，不久，高師與慧崇即同被幽禁，玄高禪師也在獄中圓寂了。
玄高禪師示寂的那天，門人們都不知這事，夜裡三更時分，突見有一道光，繞玄高禪師先前的住處塔三匝，光中有聲曰：「吾已逝矣！」弟子們才知高師已經示寂。