馬遠國小座落於花蓮縣萬榮鄉馬遠村，是鄉內唯一布農族學校。日據時期由花蓮港廳，警務課治理。民國三十五年劃為山地鄉，全境荒瘠落後，南投縣丹大山（布農族）到此移民篳路藍縷，艱辛創業，因當地有座鐵橋長度為花蓮縣之冠，乃有萬里鄉之稱，因與台北縣萬里鄉同名，民國四十七年奉省政府核定，改名萬榮鄉，沿用至今。

昔日有一家族失火，主人想起木箱儲存貴重東西，邊喊「馬侯宛」，邊往火場衝，想救出木箱（bavu）卻不幸葬身火窟，居民永誌這幕悲劇，便以「馬侯宛」為村名，民國三十四年台灣光復後，擬音改稱「馬遠村」，馬遠國小因襲村名。

馬遠國小創立於民國二十二年三月，原名為花蓮馬馳彎教育所，校址在瑞北西邊山脈上，民國三十四年改名為馬遠國民學校。民國四十二年十月政府為改善原住民生活，遷到山腳下成立馬遠社區，學校也隨之搬遷。馬遠國小屬偏遠小學，全校共有六班，學生六十三人，布農族原住民佔六十人。

馬遠國小校徽，是花蓮縣吉安鄉，光華國小校長許進明設計，以白鴿、稻葉、稻穗為主軸凸顯意涵，以數字「四、五、六、萬」道出教育願景：

馬遠國小校徽下方六條橫紋，意指六年國民小學教育。五隻飛翔小白鴿，泛指兒童在德智體群美五育並重的薰陶下，適性發展，自在快樂的成長。綠意盎然的四片稻葉，象徵共同校訓禮、義、廉、恥。

豐碩的稻穗，象徵莘莘學子只有一個童年，師長用無私的愛與關懷，陪伴每一個兒童度過充實而歡樂的年華。稻穗周圍萬丈光芒，凸顯教師教人不厭，誨人不倦，有教無類，無怨無悔等崇高的教育愛。鑲嵌其中的紅色校名，象徵校運昌隆。

校長張秋美表示，馬遠國小校園美得像首詩，白天是快樂的學習園地；放學後是健身的好場所。自從學校發行布農族歌謠「山的呼喚」錄音帶及光碟後，柔美的八部合音，風靡海內外，期盼小朋友能把握契機，傳承布農族優良傳統，愛家、愛鄉、愛校、愛山水，為馬遠開創更美好的未來。