二十六年前，成大醫學中心的創設，是國內醫學界及學術界的一件大事，這所醫學中心包括醫學院及其附設醫院，耗資六十億新台幣，被列為政府十四項重大建設之一。「其規模龐大，自然需要很多人的參與及努力，過程也相當曲折、複雜和艱辛，」成大醫學院院長黃崑巖說，自己有幸能在這項建設的受胎期與眾多同仁並肩打拼，「這種經驗很少人會有，讓我體會到，不鑽出惰性與安逸的殼子就不能創新，不能創新就沒有進步。」

籌建成大醫學中心那時候，黃崑巖還在教育部常務次長任內，接到國立成功大學第七任校長聘書。「我深知全體師生殷切期盼成大能早日設立與台大並駕齊驅的南部醫學與醫療兼備的醫學中心，這個重責大任從那一刻起放在心上，立志有朝一日能完成大業。」

想要達成目標，第一個步驟就是先行自我評估，冷靜觀察，用心思考︰「成大究竟有多少具體實力能與中山大學競爭？」所得到的答案是︰「將成大現有的優勢與特色，有效的與中央、地方相關單位相結合。」於是，他提出具體而甚富說服力的數據和說明，以及對時機、時效的準確掌握，經過年餘連串具體行動與措施，在一九八一年七月三十一日，由成功大學負責籌建國家十四項建設中的南部醫學中心。

一個同業好朋友問他︰「賢伉儷都在喬治華盛頓大學服務，黃教授更是喬大醫學院禮聘的終身教授，也有寬裕的經費可供研究之用；但喬大有可能一次提供七十幾億元新台幣，讓你們去主持籌建一所醫學院暨教學醫院嗎？」當時，他笑而未答，心中早有定見。一九八二年被聘為首任院長，其後並兼任醫學中心負責人。

在校務的推動上，由於原來文、理、工、管等四個學院均有悠久的歷史，且有素質頗高的行政團隊，對於新創設的醫學院，猶如新誕生的小弟妹，深受全家的呵護與照顧。

「為了使這項不僅是學校的大事，也是國家重大建設的經過能公諸於世，有關創辦經過，身為基督徒的我，深信上帝必能助我於近期內完成專書，俾供日後成大修撰校史與醫學中心發展史的參考。」他說。

「立志做好每件小事的黃教授，在困難及挫折中自我實現，追求成就感；能累積無數的小事成就不平凡的大事，也是傳奇。」師生一致認為，本身的資質、用心及因緣際會，造就了黃崑巖成為全方位的教育家，而非僅局限於醫學教育。他有智慧，關懷生命及與生命息息相關的周遭環境，自然形成：「當年行政院長俞國華說，創辦成大醫學中心不但造福人群、也造就自己。」

同事形容他，他可以容忍失敗，因為失敗可以獲得經驗，但不能容忍漫不經心、不認真。當時為了成大醫學院的外牆磁磚，曾到磁磚出產地德國去參觀，並學習磁磚的貼法，回來後還親自為工人示範。雖然施工成品沒理想中平整，但成大醫學院的磁磚至今沒有一塊脫落。

回國時四十八歲，正值盛年，他執著的不只是蓋一座建築物，而是百年樹人的教育事業，一直自許為教育家的他喜歡學生，也喜歡教育工作，如今雖已半退居幕後，仍不斷地透過演講及文字，試圖呼喚大家重視「教養」這堂課，並不忘鼓勵青年學子要有終身學習的觀念。