藥害救濟制度本身也有許多為人詬病之處。陳姓醫師指出，藥害救濟只適用無法追究的藥品傷害，亦即醫師、藥師、藥廠、病人、藥品等皆無過失，仍因服藥而發生重大不良反應的情況。

而且，判定藥品不良反應有一定的過程與認定標準，包括服藥時間、服藥次序、原來的病情與其他疾病狀況，或是是否同時服用的其他藥品等，因此判定過程其實是艱難又複雜，也降低申請成功的機率。

藥害救濟局限新藥
就醫者變白老鼠？

另一方面，藥害救濟的排外條件過於窄化，難以達成確保國民用藥安全的目標。例如，藥害救濟未納入中藥與醫療器材，打疫苗、輸血、急救時使用超量藥品等也被排除在外，適用該制度的狀況局限於新藥的不良反應，民眾不免有成為白老鼠之虞。

總的而言，藥害救濟制度立意良善，但民眾本身應具有「知病、知藥」的知覺。民眾對「藥害救濟制度」認知不足，對服用藥物所發生的危害，除了產生立即性癱瘓或病危情形外，對於一般藥疹反應大都以為是體質問題，不知尋求藥害救濟，是建構藥害資料庫的問題。

藥物的不良反應主要發生於年輕和中年人，女性發生的機率為男性的二倍，氣喘和懷孕可能會惡化藥物的不良反應。

馬偕醫院指出，藥物過敏的反應分為立即型，發生在服藥一小時內，會有全身過敏、支氣管痙攣、蕁麻疹、血管性水腫；加速型，發生在服藥一小時後、三日內，會有蕁麻疹、哮喘等；延遲型，發生於第一次接觸藥物的三日以後，反應包含黏膜與皮膚的症候群（皮疹、剝落性皮膚炎）或是血液學的變化（貧血、血小板數目減少、中性球數目減少）。

陳醫師提醒，遺傳因素或許是藥物過敏的重要成因，因此個人用藥應避免全家人一同使用，以減低藥物受害的機率。