二十一世紀全世界面臨全球化過度發展、氣候變遷，以及公共治理弱化所產生的諸多問題，包括：能源、溫室氣體、潔淨水資源、糧食安全、環境汙染、資源耗竭、貧富不均、物種生存威脅，及經濟發展失衡與金融失序等。其中，由於經濟發展與生物科技的進步，農業生產已邁入科技化與企業化，追求高投資報酬率，使得農民投入大量的肥料、農藥或其他農業廢棄物質於土壤及環境中，造成對土壤的侵蝕與土地自然生產力的流失、農業化學物品對水資源的汙染、農藥汙染農產品、農業病毒與蟲害抗藥性提升，以及河流中魚類與生物循環系統的破壞等，超過農業生態環境之自然承載能力，致使農業生態環境惡化。

「永續綠色農業」內涵應為解決上述農業生態環境惡化問題，要求水土保持、環境保護、生態保育；提升農業生產力、賺取農業利潤，與維持農產品衛生與營養，其終極目標係為解決飢餓、貧窮鄉村、全球糧食不足與食品主權等永續發展課題。現階段國內「永續綠色農業」發展所遭遇之挑戰，包括：產量變動及趨勢分析與農業預算之轉型；生產區位之規畫及兼顧土地利用的集約度與歧異度；土地覆蓋率、土地品質監測與評估；永續農業之計畫生產與資材管理（包括永續農產品通路）；永續產業與環境之調查監控與維護；農業政策的教育與技術推廣的再加強（包括消費者教育）；改善鄉村生活環境以平衡城鄉發展。

根據國家永續發展政策綱領之永續農業發展目標，包括：（一）發展精緻農業，創造優質生活環境；（二）提高農業經營效率，強化農產品市場競爭力；（三）維護環境資源，促進生態和諧。依此目標，為兼顧農業永續發展，維持農業生產力與農業生產品質，並維護生態環境品質。建議國內「永續綠色農業」未來推動方向如下：

1.保護國內農業生產與生態安全：調整農業生產結構，促進農地有效利用，確保糧食供應；建構農業水利基礎資料，強化灌排系統功能，有效管理灌溉用水，提升灌溉服務品質；強化產業自主調節機能，推動優良農產品標章，建立具國際競爭力之畜牧產業環境。

2.提高農業經營競爭力：提升農產運銷效能，提供國民安全、健康、價格合理之農產品；強化農產品市場競爭力；落實畜牧場登記管理，推動牧場減廢與資源再利用；強化產業自主調節機能，推動優良農產品標章，建立具國際競爭力之畜牧產業環境；積極推動動物保護工作，提升國際形象。

3.加強農業環境資源維護：加強造林綠化及林地管理，防範盜伐、濫墾及森林火災，營造安全及優質環境；落實人工林經營撫育及林產物再利用，發揮森林碳匯功能；強化國土保安及集水區治理，維護生物多樣性，落實森林永續經營。

4.循環利用農牧廢棄物：擴大農業廢棄物物料收集來源，將多種有機物廢棄物共消化，使各種廢水、農林廢棄物形成互補，提升產氣量回收能源，解決環保問題並降低土地負擔；推廣農林廢棄物之生質能源應用，開發低成本生質氣體應用技術。

5.推動生態綠色旅遊：整建全國步道系統及森林遊樂區，推展生態旅遊及環境教育；發展休閒農業及樂活農村生活，培育優質農業人力資源，豐富農村文化；建構具有環境責任感的生態綠色旅遊，以保育自然環境與延續當地農民福祉為發展目標，將環境教育和導覽解說融入旅遊之中；鼓勵農民動員參與，並將經濟利益回饋造訪地。