台灣中小企業銀行工會為了爭取就業權進行罷工，政府機關則動用「行政指導」權，要求其他行庫人員進行支援，此一措施引發了法律行為的爭議。

「行政指導」屬行政機關的裁量權，行政主管可在法律授權或許可範圍內，對人民、團體或公司行號指示應該遵循的方針、原則，但是還不到「行政處分」的程度。

行政程序法中對「行政指導」的定義是「行政機關在其職權或所掌事務範圍內，為實現一定之行政目的，以輔導、協助、勸告、建議或其他不具法律上強制力之方法，促請特定人為一定作為或不作為之行為。」該法並規定，行政機關進行行政指導時，不得濫用職權，相對人明確拒絕指導時，行政機關應即停止，並不得對相對人有不利處置。

法界人士認為，財政部動用「行政指導權」，要求公營行庫、公股銀行人員協助支援，當然合法，因為公股銀行的「公務員」，依循國家命令支援他家銀行，於法有據；但財政部若要求非官股銀行員工支援，就值得商榷，因為財政部只是最大股東，「最大股東沒有權力命令員工去支援別家銀行，而不去考量、尊重其他股東的權益。」有漠視民眾權益的問題。

台企銀罷工所採的「行政指導」，除引發適法性爭議，更突顯政府在金融改革過程，欠缺對台企銀員工就業權與生存權的尊重。