黑枕藍鶲頭頂後方有一塊黑斑就像枕頭一樣，前頸下方掛著一條黑帶，為一夫一妻制，全年成對，共同守衛覓食領域。

黑枕藍鶲「回、回、回」的特殊叫聲，在一般山區都可聽得見，也容易遇見，但是要看到牠築巢，那可就得碰運氣了。

生殖期由四月下旬到七月下旬，一年可生兩次，通常每ㄇ巢產三個卵，孵化時間約十四天，幼雛約十天可離巢，離巢四十至六十天可獨立。雌雄鳥均參與築巢、育雛，雌鳥餵幼雛的貢獻大於雄鳥，雄鳥負責巢邊的警戒。主要食物是昆蟲、蜘蛛。

嗷嗷待哺的雛鳥食量驚人，一副老是吃不飽的樣子，只要一聽見親鳥召喚，立即張開大黃口啾啾的討食。親鳥輪流叼回各種昆蟲餵食雛鳥，來回奔波不停。