佛陀紀念館因安奉佛陀真身舍利而建，明天佛陀舍利就將供奉在本館的玉佛殿內，而「本」館更是源於本師釋迦牟尼佛的本，因此館內軟、硬體設計力求人性化、互動式，融合藝術、教育、科技、文化，跳脫保守古板，誠如星雲大師形容：「本館設計皆融合古今、中印文化，展示手法結合尖端多媒體科技，先讓民眾喜歡，進而願意接受佛陀教誨。」

本館內部有三殿、四館，三殿為「普陀洛伽山觀音殿」、「金佛殿」、「玉佛殿」，四館是「佛陀的一生」、「佛教節慶」、「佛教地宮還原」、「佛光山宗史館」等四個常設展，次第感鮮明的格局，將本館構築成佛陀紀念館的信仰核心。

玉佛殿
後座的「玉佛殿」安奉以緬甸珍奇白玉雕成的莊嚴臥佛，佛像兩旁各有一巨幅彩色玉雕，分別象徵東方琉璃世界與西方極樂世界，殿內左右兩面牆是來自世界各國、以各種香木雕刻而成的寶塔，蔚為塔林，走進殿內陣陣清香的木質調香味撲鼻而來，聞來讓人心曠神怡。
殿內亦供奉佛陀真身舍利，大眾藉由瞻仰禮拜，心中有佛，耳朵所聽，眼睛所看，都是如來的說法與示現，能「拜」出歡喜、智慧、清淨、光明與健康。

金佛殿
拜過觀音後來到「金佛殿」，供奉在殿堂中的金佛是泰國僧王所贈送，象徵南、北傳佛教的交流與融和。

普陀洛伽山觀音殿
本館三殿居於最前的「普陀洛伽山觀音殿」，供奉一尊高三米八八的千手千眼觀音，這尊佛像是由琉璃藝術家楊惠姍全新打造，當民眾禮拜觀音時，觀音身邊的善財、龍女會拿著楊枝淨水瓶，自動為遊客手中的觀音杯注入大悲水。
四周壁面光潔明鏡的三十三觀音，或前後，或左右，層層相疊，綿綿相續，亦形塑重重無盡的「華嚴世界」。

佛教節慶
走進本館一樓右方後區為「佛教節慶」，以農曆月份生動介紹佛教各個節慶，首先是農曆正月初一彌勒佛聖誕，展場中由科技光影塑造出笑臉迎人的彌勒佛，高三百三十公分，表情豐富，嘴一開一合向大眾說「恭喜！吉祥！」，連爬在彌勒佛身上的小沙彌都各有鮮活動作，十分討喜。
其次是農曆二月十九日觀音菩薩聖誕，展區也設有朝山造景，山門、朝山步道、大悲殿、朝山者都是立體模型場景；佛教七月孝道月則展示「目連救母」，以燈光照射故事壁畫，搭配目犍連尊者與其母親的電動模型，演示尊者救母的孝心；九月的藥師佛聖誕區設置有「點燈互動裝置」，民眾用手在電腦螢幕寫下名字，眼前立即亮起一盞寫有名字的光明燈。

佛陀的一生
「佛陀的一生」常設展位於本館一樓的左方後區，進入後第一個館賞點是「4D電影院」，片長十一分鐘的影片濃縮佛陀一生從誕生、成長、出家、苦行、降魔、成道、說法、涅槃的過程，旨在傳達佛陀如何以「人」身覺悟成佛的歷程，帶領民眾進入佛陀的世代，見證佛陀的偉大事蹟。
全球第一部佛教4D電影－「佛陀的一生」，由星雲大師講述佛陀本生故事貫穿全片，搭配金鐘主持人沈春華的旁白，觀眾戴上3D立體眼鏡，可看到成佛前的悉達多太子射箭彷彿近在眼前。佛陀在菩提樹下接受群魔考驗時，還會吹起陣陣狂風，而佛涅槃時現場亦飄下片片菩提葉。走出電影院則有如片廠的實景布置，還有方便視障民眾的有聲書裝置。

佛光山宗史館
位於本館一樓左方前區則為「佛光山宗史館」，藉由易懂影像敘述與文物展陳，道出星雲大師數十年來推動「人間佛教」的豐富歷程，從一九四三年大師因重病垂危，吃著師父志開上人送來半碗鹹菜的模擬造景，到佛光山開山前荒僻麻竹林的歷史再現，進而展現人間佛教的生活性、利他性與時代性，帶領民眾隨著時間的敘事，體悟人人本具的善心佛性，進而自利利他。

佛教地宮還原
踏入本館一樓右方前區的「佛教地宮還原」常設展，收藏了台灣震旦行集自世界各地的地宮文物。展區入口是一道複製大陸西安法門寺的地宮門，加上昏黃燈光的運用營造，彷彿讓人進入時光隧道，隨著古人步伐進入收藏佛教聖物的地宮之中。
「佛教地宮還原」常設展陳列地宮石門、石函、金銀棺、佛教造像、金銀琉璃舍利瓶、燭台、香爐等文物，想了解過去許多知名地宮的民眾毋須跑遍全世界，在此展中就能一窺地宮全貌。而此展區備受矚目的「佛牙再生舍利區」，則展示佛陀真身舍利十多年來衍生的數百顆舍利，見證因大眾虔誠禮拜的信願凝結。