為檢測水質良好與否，環保署也訂出一套河川汙染指標（簡稱RPI），透過「溶氧量」、「生化需氧量」、「懸浮固體」、「氨氮」等四類指標的平均值來判斷河川汙染程度的ABCD等級。以A級（未受汙染）的河川為例，四類指標平均值須要在2以下；B級（輕度汙染）河川平均值則為2~3之間；C級（中度汙染）則為3.1~6；當指標平均值達到6以上時就屬於D級（嚴重汙染）的河川。

楊喜男語重心長表示，河川污染是日積月累造成，所以要把河川變乾淨也不是一天兩天的事，河川汙染成因除了大家常聽到的工業廢水汙染、重金屬汙染、家庭廢水、環境荷爾蒙外，還有容易被忽略的衛生與家用藥物汙染。他指出，有些民眾會把家中過期的廢棄藥物隨手丟進馬桶沖掉，導致汙水流進河川，增加水質汙染物。他強調，愛地球人人有責，要想恢復美麗河川原貌，大家得從日常生活做起，減少河川汙染源。

為加強水質檢測把關，環境檢驗所長阮國棟表示，除了已開發成功的生物急毒性測試方法外。環檢所目前正著手研發「慢毒性測試法」，透過水蚤等生物來進行約二十八天的長時間觀測，以了解該河川汙染物是否會造成生物畸形或生長不正常的情況，環檢所預計明年就會公布這套檢測模式。