根據農委會統計，莫拉克颱風所引發的八八水災，在全台各地，共造成了一百九十四億多元的農業損失，其中農產損失約四十幾億、畜牧損失近十五億、漁業損失約四十多億。雖然農委會在第一時間啟動現金救助與低利貸款申請等措施，但對許多災民來說，災後重建仍是一條漫長又艱辛的路。

吳世昌表示，政府的補助根本比不上災民清理與復耕的成本，若要辦理銀行貸款，更如同是挖坑讓災民跳，因為貸款時往往得用魚塭去抵押，萬一颱風又來報到，農民可能連賴以維生的土地都沒了，更遑論要償還貸款了。他們眼前只祈求政府能將基礎設施做完善，以避免大雨一來又淹水的場景再度上演。

此外，也有農民表示，雖然中央政府有心幫助災民災後重建，但政策有時候無法貫徹到地方，讓不少救災資源「看得到、吃不到」。

魚塭養殖戶顏榮宏表示，雖然中央提供災民申請低利貸款，但他也聽到部分縣市的農漁會、銀行，因為擔心農民借了錢後無力償還，形成呆帳，因此讓農民借貸時，碰了軟釘子，導致中央政策無法落實到農民身上，淪為「口惠實不至」的窘況。

農委會農糧署作物生產組組長黃美華表示，事實上，風災過後，農委會就立刻前往災區了解各縣市農損災情，與災民進行對話、討論災後救助金額與輔導措施，對於災民的心聲，政府當局會再深入了解，給予實質協助。

為了幫助農民在災後重新站起來，黃美華表示，農糧署也針對災區舉辦「關懷重建區││水果認養活動」，從去年延續到現在，希望藉由凝聚民間企業與社會大眾的力量，來幫助農民在重建之路上走得更踏實。

「災後重建不能只是炒短線，而要永續經營，才不會讓災情一再重演。」海洋大學環境生物與漁業科學學系副教授鄭學淵表示，我們無法阻止颱風不要來，既然如此就要懂得在風災過後痛定思痛、記取教訓。他有感而發指出，八八水災迄今已滿一年，但直到現在，他仍未看到政府當局提出有魄力的災後改革措施。

正所謂「危邦不入、亂邦不居」，鄭學淵表示，水有自己要走的路，大自然也一樣，如果該地區本身就是行水區或是不宜農業開發的山坡地，那麼就應該懂得避開，才是正本清源之道。

他強調，每個地區都要「因地制宜」來進行適合的農業土地利用規畫，對於不適合農作地區，政府可考慮用「以地換地」方式，讓農民遷移到安全的地區耕作，讓人為開發與大自然間可以取得平衡，避免天災再一次的反撲。