癌症標靶藥並非全無副作用，台灣癌症基金會執行長、萬芳醫院癌症中心副主任賴基銘表示，最常見的就是皮膚、出血問題，好處則是可針對特殊標靶，提高克制癌症的機率。

然而其反應率也非百分百，因此雖然能彌補一些過去治療失敗的遺憾，但患者仍可能因為癌細胞再度突變而復發；此外，即使同一種癌症，不同人的細胞表現也不盡相同，所以癌症治療上雖然多了標靶藥這項利器，但仍充滿了變數。

　因此，多標靶的治療使用，漸成為未來趨勢，賴基銘表示，這是為了因應現今標靶藥仍可能面臨到的抗藥性問題，但多數仍在試驗階段；高雄醫學大學附設醫院癌症中心主任侯明峰也舉例，比如有標靶藥用阻斷訊息傳遞方式控制癌症，但癌症不那麼簡單，可能又找出另一條路，所以才會有愈來愈多試驗併用多種標靶藥，嘗試把傳送訊息的受體全部切斷，以延續癌症不惡化時間。

　此外，標靶藥一開始都被當作晚期轉移性癌症的救命藥，因為癌症若發現的期別愈早，治療的選擇性較多，難以一開始就比較出標靶藥的效益，但隨著愈來愈多研究顯示，的確有些標靶藥證實提前作為第一線輔助使用，可明顯提升患者的生活品質。

　另一項趨勢則是新適應症，侯明峰指出，不同部位的癌細胞，有差異性，也有共通性，因此的確可能有標靶藥原先只證明用在一種癌症，之後又證實同樣的原理對另種癌症也有效果。

　但侯明峰強調，符合適應症必須要有研究成果支持，一種是國內衛生署已核准使用的範圍，另一則是美國FDA已經核准使用，比如原本用於大腸癌的的標靶藥「爾必得舒」，國內已核准用於頭頸部癌；或是核准用於大腸癌的標靶藥「癌思停」，也有研究證實可用在乳癌治療上。

　賴基銘認為，任何對標靶藥的新用途都應有大型臨床試驗的結果，證實有意義才建議使用，他不諱言，臨床上有些醫師，對於什麼藥都嘗試過的患者，把標靶藥當作新藥來孤注一擲，但他趨向較保守的立場，建議民眾千萬不要以為只要花錢就有效，或聽聞少數的個案就跟進，否則到頭來不是因病受苦，而是被經濟負擔折磨得很慘。