事實上，除了開採技術有待克服外，開採成本高也是問題之一。林殿順表示，可燃冰的蘊藏海域範疇相當廣泛，從海面下500公尺到5000公尺深的地區都可見到可燃冰的蹤跡，而台灣的可燃冰蘊藏海域則主要介於海面下500公尺到3000公尺的海深。雖然可燃冰蘊藏海域廣，且含量可供台灣使用50年，但鑿井的開採費用相當昂貴，以高雄外海的鑿井成本為例，要鑽一口深度達三千五百公尺的探勘井就要花費台幣兩億多元；因此若要降低成本，就須選擇靠近台灣陸地、海深一千公尺內的可燃冰蘊藏地區來開採。

如此看來，許多人不免好奇，如果開採成本這麼高，豈不是讓含量豐富的可燃冰「英雄無用武之地」！對此，劉家瑄認為，開採成本的多寡可對照於主要能源石油的油價高低。他表示，當石油價格高漲到每桶一百塊美金以上時，極區的可燃冰就具有開採價值，而一般海域則只要油價高於八十塊美金就具開採價值。

不過，正因為開採成本高，也讓科學家想到「兩全其美」之道。劉家瑄表示，就是在開採可燃冰的過程中，也同時將二氧化碳注入其中，藉此形成固態的二氧化碳水合物，讓二氧化碳得以封存在海底以下地層內，讓開採能源及封存二氧化碳可以「雙管齊下」，藉此降低成本，同時開源又減碳。