三層國小地處嘉義縣與台南縣交界處，是多年來幾曾被遺忘的小村落。而偏遠的幽徑，花木扶疏的綠意，加上純樸的民風，在繁華而混亂的現實中，卻形成有如世外桃源般的樸實與自在，自然構成一幅令人心曠神怡的美麗境界。

本校校徽設計以三層國小好山好水為主軸，配合三層村地名—三層崎（意謂：有三個高低坡度）故設計三座青山；因校園南側有白河水庫，西邊鄰近鹿寮水庫，四周有諸多小溪流經，水資源豐沛，故設計溪水環繞。

本校校徽近幾年來因配合九年一貫課程學校願景的建構而持續修訂中，過程歷經幾任校長及全體同仁的見解討論，仍未有滿意的共識作品產生。在九十四年三月因謝彩琴校長積極的推動及同仁熱烈討論下，漸有共識而產生基本雛形，最後委由蔡泳銓老師嘔心瀝血設計潤飾，終告定案。