經費是支援一個表演藝術團體最大的命脈，當代成立二十年也只創作十一齣戲，一九九八年曾暫停演出三年，都是因為經費問題。當代復出之後，製作的戲曲多半是小場面，演員不到十人，目前劇團固定演員只有三位，吳興國最大的希望是至少有二十五人的班底，免去四處找演員的痛苦。

吳興國指出，一個超過十五人的劇團每個月至少要能公開演出十至十五場，才算可以自力更生，如今他每創作一部戲，總要先將劇本、音樂、背景、場佈通通想好，並且在演出前一年半借場地，找齊演員，一切準備就緒才敢申請補助。

早期創作經費有一半以上都來自於文建會，加上當時劇團少，還能勉力支撐。後來除了團體漸增，政府單位「為了公平而公平」也是一個大問題。吳興國說：「你不能把一個創作經費都放在同一個籃子讓大家去搶！」這樣的結果造成雖然人人有錢拿，但資源分配不均，不論大小規模的表演團隊都是拿一樣的錢，這對動輒數十人以上的劇團來說十分不公平。

一九九七以「等待果陀」申請台北市藝術節表演經費，結果沒通過，原因居然是：「不知道這齣戲要演什麼」，這個理由讓吳興國十分生氣，也十分無奈，如果在找不到金援的情形下勉強公演，勢必要先虧幾百萬元，自己根本沒有本錢去賭。隔年年底，當代傳奇劇場宣佈停止公演，吳興國當時嚴肅的向在場媒體宣佈︰「我已經有五年沒有辦法申請到任何製作經費，我們撐不下去了」，在國內外演出造成轟動的「慾望城國」，即便突破種種關卡，終究因為經費問題，在法國亞維農藝術節後，暫時隨著當代劇場步下舞台。

幸好，短短的三年後，「當代」終於宣佈復出，昔日老友在吳興國和林秀偉一通電話之下立刻趕到，讓「當代」能歡度第一個二十歲生日，在二十周年餐會上，吳興國感性的說：「暫停三年之後，我以為一切都已經瓦解，都已經結束了，但我看到許多年輕藝術家朋友的支持，讓我們度過難關，我看到了，謝謝你們。」