通常，大拇指球內魚際肌萎縮或症狀超過二個月才需開刀（一般肌肉萎縮，在半年內開刀恢復機會最大），手術是將腕橫韌帶完全切除，再以夾板固定腕部，並以敷料壓迫，患者通常不須住院。

但手術後患者手部發麻與刺痛感，可能還會持續一段時間，通常一周後才可正常使用患手，但一個月內不能提重物。

晚近治療腕隧道症候群，已有改良的拋棄式手術切刀，不但不會有疾病傳染的可能，而且價格便宜，大幅地降低醫療成本。此外，由於手術的時間短、傷口小，使得術後的疼痛感降低，不僅沒有手腕疤痕的問題，而且手部功能恢復迅速。

手術的方法大致可分成三種：第一種為傳統切開手術，在手掌腹面畫下縱切刀口，直接切開腕關節韌帶，因為手掌面疤痕的關係（約三～四公分），日後對手的觸覺較有影響；第二種為腕關節鏡手術；第三種為特殊的「腕隧道切刀」技巧。後兩者只需在手腕處切開一公分左右傷口，即可完成手術，並不會造成手掌疤痕問題，不過手術技巧性較高。