在歷經政變失敗、被囚等挫敗，查維斯在1998年本著「玻利瓦爾主義」，並運用個人領導魅力和「華麗的」粗話演說風格，擄獲委內瑞拉大量的貧窮人口和工人階級的支持，一舉拿下總統寶座，以56%的得票率，當選委內瑞拉第53任總統。

查維斯在1999年就職總統後，就展開廣泛的制度轉變，從原本舊政府所採納的自由市場經濟，迅速的轉變為準社會主義的收入重新分配。查維斯也完全顛覆了原有的外交政策傳統，斷絕原本與美國和歐洲的戰略利益連結，改朝向非主流的外交路線，成為南半球世界發展和整合的範例。

在當上總統後，查維斯仍不改大砲個性，對於看不對眼的人，總是不加思索的放砲批評。例如，他在2005年曾向記者說，他替墨西哥人感到難過，因為墨西哥人讓總統成為帝國的小狗。他也對美國國務卿賴斯作出人身攻擊，批評她對於拉丁美洲的無知，簡直是「徹底的文盲」。

查維斯的改革獲得了大量的稱讚，也招致大量的批評。許多委內瑞拉人對他抱持著反感，尤其是社會的上層和中上階級，他也被揭發進行許多廣泛的政治壓迫和人權侵犯。查維斯政策所引起的巨大爭議，也在2002年醞釀了一場試圖推翻他的短暫政變，和2004年的罷免投票，也有許多陰謀論認為外國勢力企圖經由軍事政變和刺殺、甚至是軍事入侵來推翻查維斯。但是無論如何，查維斯在現代政治裡，依然是具有相當影響力的人物，也是國際上反抗華盛頓共識和美國外交政策的代表人物之一。