台北市動物園有相當多珍禽異獸，鑑於目前流行於韓日及台灣東部南部的H5N6亞型高病原性禽流感病毒，具有高傳染力、高發病率和高致死率等危險性，台北市立動物園特別在生態鳥園及水禽區的遊客出入口處放置消毒踏墊，全面暫停野鳥救傷業務，大門入口迎賓的紅鶴池及兒童區原本自在趴趴Go的家禽，在禽流感疫情緩和前，暫時停止在戶外活動，以降低牠們被意外感染的風險。此外，園區更增設消毒酒精取用點，遊客前往動物園別忘了勤洗手、不要餵食及接觸鳥禽。

台北市立動物園表示，由於動物園園區腹地廣大、綠蔭環繞、空氣流通，因此爆發群聚感染的機會並不大。此外，園內照養多數珍禽的生態鳥園及水禽區等環境，遵循自然生態法則設計，加大、加高的籠網足以阻隔外部鳥類的進入，網籠內遍布的植栽不僅提供鳥類棲息與躲藏，還能大幅降低鳥禽與遊客接觸的機會，只要遊客確實遵守不要餵食及接觸動物的參觀禮儀，就可以有效降低禽流感發生的風險。

園區內半開放式的鳥類展示（例如大門廣場的紅鶴），餵食區都設在室內，其目的亦在於避免野鳥因被食物吸引而聚集，以降低染病風險。至於動物的食物，包括食肉目動物如獅子、老虎、豹、鱷魚等，及部分靈長類與熊科等雜食性動物，最近除了肉類蛋白質外，如果要以蛋補充營養時，會選用符合CAS標準之洗選蛋放置在蒸籠中煮熟，之後再提供給動物享用，以降低禽流感所帶來的威脅。