《百年中國：迷悟之間》紀錄片分為六集，分別是：

「千年巨變」——鴉片戰爭開啟中國千年未有的變局。割地、賠款、不平等條約。菁英或求自強運動，或思維新變法。中國從專制走向共和。

「萁豆相煎」——民國成立。袁世凱稱帝。軍閥割據。成立黃埔軍校。聯俄容共。北伐。中原大戰。黃金十年。剿共。長征。日本侵占東北。西安事變。

「烽火滄桑」——台灣被迫割讓日本後歷經武力與軟性抗爭。對日抗戰，民族命運共同體形成。台灣光復。二二八事件。國共再度內戰。國府退守台灣。韓戰爆發，兩岸分治。

「探徑尋路」——在蔣介石與毛澤東引導下，兩岸分別走上現代化道路。台灣威權統治、土地改革、輕工業發展、文化復興。大陸極權統治、重工業發展、人民公社、三面紅旗、文化大革命。

「兄弟登山」——在蔣經國與鄧小平引導下，兩岸在孫中山的路線上有了交集。蔣經國革新保台、連結中華文化、開放黨禁與探親。三民主義統一中國。鄧小平在政治經濟政策上持穩定、改革、開放立場。一國兩制。

「百年之悟」——大陸江澤民、胡錦濤持續鄧小平的政經總路線。台灣李登輝、陳水扁在兩岸定位上不同於蔣經國。探索對兩岸認同、共同體、現代化路徑之悟。