一百零八年的老校台南縣鹽水國小，前身是民國前十四年創設的「鹽水港公學校」，後來陸續衍生了「柳營」、「義竹」、「歡雅」、「月津」、「汫水」等五所國小，前面四所又繁衍了二十六所小學，可說枝繁葉茂；鹽水國小的校徽，是老師黃耀南本著緬懷過去，策勵將來的理念設計，義意涵十足。

校徽的整體結構：小船和水波，代表昔日鹽水港的絕代風華，以過去的一段輝煌，惕勵莘莘學子，要任重道遠，做好傳承。圓形的風帆代表學生、教師與家長，圓融和諧的在良好環境、溫馨的校園裡，施展無限活力，和衷共濟，乘風破浪，航向光明的未來。

校長謝三吉鑒於鹽水鎮的大起大落，體悟到「滄海桑田」、「瞬息萬變」的真理，他認為「海水波濤，沒有一刻的靜止。

時代巨輪，沒有一瞬的停歇」，在日新月異的新時代，全體師生，唯有真誠負責、感恩惜福，執起「愛與尊重」的彩筆，方能揮灑「求新求變，和諧共榮」的遠景。