在人體內的細菌中，有害細菌所占種類和數量都很少，大多數細菌能與我們人體友好相處。

我們每個成年人的身體裡至少有五百個種類的細菌。細菌細胞的總數可達一百萬億個，是人體細胞的九倍。許多細菌對人類不僅無害而且有益，給人類帶來很多的好處。

  例如人體腸道內的寄生細菌就有四百多種，維持著腸道的「生態平衡」，為人體提供維生素和氨基酸等不可缺少的物質。如生活在腸道裡的乳酸桿菌，能防止腹瀉的發生，如果腹瀉了，這種細菌能加速康復。

  生活在人們皮膚表面的葡萄球菌，每平方釐米有十五萬個，會把皮膚每個小孔塞得滿滿的，使有害細菌無法進入和存活；生活在人們口腔中的綠灰鏈球菌全力阻止有害細菌從口入侵，並防止齲齒的發生；另外，科學家在體髓中發現了厭氧棒狀細菌，他們能保護、激活造血幹細胞，提高細胞的繁殖能力，誘導體內合成難得的干擾素，以增加機體對病毒的抵抗力。

把有害細菌變為有益細菌，這方面最典型的例子就是疫苗，例如從結核桿菌改造而來的卡介苗，還有天花疫苗、霍亂疫苗、傷寒疫苗、流感疫苗與破傷風疫苗等，已經成為人類預防疾病的得力助手。

有的細菌還是製藥能手，美國科學家發現了一種製冷細菌，牠們能在二至三分鐘內將人體表面迅速冷卻到攝氏○度以下，把這種細菌調製成的冷卻劑塗在傷口周圍，可使人體細胞溫度降低，防止炎症發生，促進傷口癒合。