台南縣永康市早期住有希拉雅平埔族，明鄭時期先民經台江內海，溯鹽水溪進駐開墾，清朝時期稱做「埔姜頭」，拜中山高通車，及「新市科學園區」開發之賜，人口激增，成為台南縣人口最多，工商業鼎盛的市鎮。

校長顏永清表示，台南縣三村國小創立於民國九年，原稱「三崁店國民學校」，因學區範圍涵蓋三個村莊，光復後正名為三村國小，沿用至今。

台南縣三村國小校徽，由簡明的幾何圖形建構而成，設計主軸凸顯「三」這個字，「  」三個人重疊，是古「眾」字，以三個人的造形為設計主軸；在視覺的知性功能上，直接傳達三村的形式意義。

教育之宗旨，立基於人性的陶冶，圖騰中綠色高舉雙臂，單足頂立，是抽象類人身造形，上方紅色實心圓為頭部，在藍色的大圓周內，「三」代表多重意涵。

振臂的莘莘學子，如春天的草木，欣欣然茁壯，代表學童來自三個村里各個角落，三個紅色圓，象徵教育工作者以愛心、專業與耐心，從各方面輔導學生，又代表學校以倫理、民主、科學為綱領，達到全人教育目標，創造明日璀璨前程。

藍色大圓代表師生和諧同心，學子懷純潔、赤子之情，虛心向學；學校擬訂最新課程方案及前瞻的教學方法，在優良師資及美好的環境裡，齊心戮力，共臻圓滿的學習成果。