截至十月五日為止，登革熱本土病例確定超過三百例，根據疾管局的觀察，往年登革熱疫情約持續到九、十月會漸漸下降，為避免疫情持續擴散，行政院首度依傳染病防治法，成立「登革熱中央流行疫情指揮中心」，希望能將疫情控制在五百例以下。衛生署也計畫再投入三千萬元防治經費，調派三十位病媒防治、流行病學及醫療專家進駐南部，協助相關防治措施，直到疫情獲得控制為止。

疾管局副局長周志浩表示，期盼登革熱中央流行疫情指揮中心成立後，疫情可以在二周後降溫，在十二月前降到某一程度。

周志浩指出，登革熱的發生與氣候、清潔相關，今年的雨水比前兩年都還要多，且降雨型態是午後陣雨，不像一般大雨過後清理一次即可，下下停停的雨勢可能因此導致積水容器無法立即清理，有了病媒蚊孳生源，登革熱就很難消除。
 
今年爆發登革熱的地區幾乎集中在高雄縣市，像鳳山、平鎮等這些地方有很多老舊社區，加上南部氣候原本就比較炎熱，因此容易成為病媒蚊孳生的地區。

此外，民眾的配合度不如預期，積水容器清除不乾淨，甚至無人居住的屋子也無人關心，這些都是導致，登革熱疫情未降的原因；周志浩說，如果地主不願意主動清理積水容器，衛生單位可以向地主徵收代執行費，呼籲民眾注意環境整潔，不要讓登革熱有機可乘。

  第三型登革熱 
  多數國人無抗體

登革熱分為四種類型，人若感染其中一型，其在體內產生的抗體並無法防護另外三型，一旦重複感染不同型的登革熱病毒，可引起出血性登革熱，出血性登革熱不同於典型登革熱，死亡率約百分之十五至五十。

由於今年流行的是第三型登革熱，多數國人都無此型抗體，且今年的主要流行區域幾乎與九十一年重疊，增加了出血性登革熱發生的可能。

除此，在登革熱一到四型當中，第三型登革熱是最為嚴重的，即使未曾感染其他型的登革熱，單獨感染第三型，亦有併發出血性登革熱的可能，這也是防疫單位如此憂心疫情的原因。

周志浩說，九十一年大流行地區集中在高雄縣市、屏東，九十二年是高雄市，九十三年是屏東地區，九十四年是高雄縣市、台南縣市，今年是高雄縣市；九十一年流行的是一、二型，今年是第三型，不同型別、地區相同，民眾交叉感染，併發出血性登革熱的可能性相當高。

今年登革熱病例最早發生於高雄市前鎮區崗山仔及舊草衙，之後跨過縣市交界進入高雄縣鳳山市五甲一帶，目前兩縣市疫情已連成一氣，整體局勢與九十一年南部登革熱大流行幾乎重疊在一起。

九十一年疫情始於四月份，並快速蔓延擴散至南部各縣市，本土病例總計五千三百三十六例，其中登革出血熱病例二百四十二例，其中有二十一例死亡。
 
清潔工作不佳
  病媒蚊密度仍高
疾管局認為，今年登革熱疫情並不樂觀，就病媒蚊密度調查資料顯示，今年六、七、八月份布氏指數二級以上村里分別為百分之二十一點七一、三十二點九七、三十三點一六，九十一年同期則分別為百分之十一點四、二十四、二十五，顯示國內雖然歷經數年登革熱疫情蹂躪，但民眾主動清除積水容器之行為並無太大改變，病媒蚊孳生源清除工作有待加強。

周志浩說，很多登革熱確定病例都是就診四到五次之後才被發現；九十一年的大流行是一次嚴重教訓，呼籲民眾生病了就應趕緊就醫，如果有發燒現象自己要有所警覺。

他也提醒醫師，當病患有發燒現象，應合理懷疑是否為登革熱，民眾與醫師對登革熱的高度警覺，才能避免錯過早期發現的機會，遏止疫情持續擴大。