佛光大學以人文社會教育為成立目標，開辦時的科系中，以生命學研究所，及未來學系所最為特別，這也是全台首創的兩個科系。

吳欽杉指出，人文社會領域中，了解生命、未來趨勢的發展是每個人都需要的，因此開教育界之先河，創設了這兩個科系。

「生命學」是針對生命，做整體觀察與全面探究為主要研究和發展的方向。生命學系上課的內容涵蓋物理學概念、文化人類學、禪修與身心健康、黃帝內經專題研究、道學生命觀研究等多元面向。其所配備的多功能教室、穴道電檢儀、禪定測定儀等，更豐富了學生的需求。

而生命的未來，是人類最想探求的。未來學從上古發展到近代，已經有其清楚的學術領域，但由於國內專門領域人才難尋，目前佛光大學的未來學系，採科技整合推動。「未來」是各領域皆含括的，因此目前師資是各領域的結合，共同傳授這門前瞻的智慧。

除了生命學、未來學兩門特別的科系，目前佛光大學有藝術學系所、哲學系所、人類學系、生命學、宗教學系所、歷史學所、文學系所暨博士班、未來學系所、政治學系所、社會學系所、經濟學系所、教育資訊學系所、心理學系、公共事務學系所、傳播學所、管理學所、社會教育所、資訊學系所等十三學系、十七個碩士班及一個博士班，另外還設置了六個在職進修碩士專班。

大學部，計畫短期內增加傳播學系、管理學系。教育部今年剛核准通過宗教學位，佛光大學的佛教研修學院計畫在九十六學年度正式招生。