澎湖除了花嶼，都是由玄武岩組成；歷經多次不連續的火山活動，火山熔岩從淺海或地底裂隙湧出，到地表快速冷卻形成玄武岩，並龜裂成五、六角柱狀體，稱為「節理」。

目前已知澎湖玄武岩誕生年代至今約一七四○萬年前（望安鄉天台山）到八二○萬年前（東嶼坪嶼）。在地表上可見到二到四層熔岩，地質年代屬第三紀新生代中期到晚期，以漁翁島最具代表。

文建會在二○○二年將澎湖玄武岩提報為台灣最具「世界遺產」潛力的地點之一。