林智堅的論文門事件，首先由台灣大學於八月九日宣布林智堅的碩士論文抄襲嚴重，決議撤銷其碩士學位，接著是中華大學於八月二十四日認定林智堅抄襲情節重大，亦決議撤銷其碩士學位。在一個月之內，林智堅的二個碩士學位相繼被撤銷，創台灣政治史上的首例。

但論文門事件發展至今，林智堅及其民進黨同志並未承認錯誤、公開道歉，反而表示要捍衛自己清白。

林智堅對於台灣大學宣告其違反學術倫理，表示無法接受與理解。蔡英文總統於八月十日也公開挺堅，表示：「只要完整看過兩本論文，都願意選擇相信智堅沒有抄襲」。八月十二日，林智堅發表退選聲明，強調「我選擇離開桃園市長選舉的戰場，在另一個戰場捍衛自己的清白」。二十四日中華大學學倫會公布審查結果後，鄭運鵬辦公室亦表示，尊重林智堅後續救濟的決定，也支持林智堅捍衛自己的清白。

學位論文抄襲乃是人格、道德、誠信的一大汙點，其情節較諸學生課堂考試作弊遠為重大。課堂作弊頂多是記過及該科不予計分，學位論文抄襲則攸關學位是否撤銷。由於論文抄襲絲毫沒有正當性，乃普世價值所不容，因此論文門事件發展至今，林智堅及其民進黨同志，並無任何一人敢說抄襲是正當的。他們所採取的策略，是一個較為曲折的路徑，同時也是危害國人價值觀更嚴重的路徑，那就是：藉由指鹿為馬，圖謀捍衛其所謂的清白。因為他們若是爭辯抄襲的正當性將毫無勝算，但若利用權勢，指鹿為馬，歷史上卻有成功案例。

關於指鹿為馬，首先，林智堅始終堅持論文是自己原創的，並隱約暗示余正煌才是其台大論文的抄襲者。其次是林智堅質疑台大社科院院長蘇宏達偏頗不公，要求蘇宏達迴避審查，意圖以政治壓力影響審查結果。八月十日林智堅赴中華大學說明論文疑點，事後卻指控中華大學學倫會「先射箭再畫靶」，並抱怨審查人員不肯交換名片，此舉也是指鹿為馬，意圖塑造中華大學不公的印象。

諷刺的是，教育部《成語典》中，對於「指鹿為馬」一詞提供了若干例句，其中一些例句頗為切合林智堅事件。例如「獨裁者大權在握，往往指鹿為馬，胡作非為」、「只有玩弄權力的奸臣，才會指鹿為馬，作威作福」、「這件事情的真相，就在有心人指鹿為馬地誤導下混淆莫辨了」、「政客們指鹿為馬的言論，時有所聞，難怪社會人心惶惶不安」等等。

林智堅當然有權利捍衛自己的清白，但以下數端實非妥當。第一，利用權勢率先指鹿為馬，意圖混淆視聽，製造輿論；第二，捍衛清白需以事實為根據，但迄今林智堅並未提出可信及充分的清白證據；第三，捍衛清白需透過正當的程序，但林智堅卻多次不出席學倫會的審查，而且迄今也未循程序申請救濟；第四，林智堅所謂的捍衛清白，係以汙衊他人的清白為手段，例如余正煌、蘇宏達、台灣大學、中華大學等的清白，都因林智堅而蒙塵。以如此的捍衛清白手段，相當諷刺，且造成兩所大學的校譽損害與世人對其學術地位的疑慮。

台灣各個政黨的政治人物，涉及論文抄襲者絕非只有林智堅一人，但從未有如林智堅及其同志們一般，如此地指鹿為馬、顛倒黑白，毫無羞愧。台灣民眾「鳴鼓而攻之可也」。