然而到了太武帝任用崔浩為相，久聽崔浩毀佛，而在踐位第二十一年，即太平真君五年（西元四四四）正月戊申頒布詔令，宣告佛法虛誕不實、僧徒怪力亂神，與王政淳德大相違背，必須痛下決心加以整頓。

此時佛教也捲入胡漢對立與政治理念鬥爭中，太子拓跋晃是護持佛法的代表，他讓滅佛行動延緩了兩年，但父子矛盾日深，宦官宗愛又進讒言，致使太子被殺，隔年（四五二）太武帝也遭宗愛所弒（《南齊書．魏虜傳》稱：「佛狸感惡疾，自是敬畏佛教，立塔寺浮圖。」佛教典籍也盛傳太武因滅佛而感癘；但《魏書．宗愛傳》載：「（宗愛構告其罪，）恭宗遂以憂薨。是後，世祖追悼恭宗，愛懼誅，遂謀逆。」而〈天象志〉則記：「（正平元年）六月，帝納宗愛之言，皇太子以強死。明年二月，愛殺帝于永安宮」）。

在毀佛七年之後，拓跋晃之子文成帝繼立，便下詔恢復佛教崇高地位。

文成帝很重用的高僧曇曜，原本在北涼就知名於世，《高僧傳．玄高傳》有附帶的提到他「以禪業見稱」。

因太武帝於太延五年（四三九）滅北涼，《魏書．本紀》說：「收其城內戶口二十餘萬」、「徙涼州民三萬餘家于京師」；《魏書．釋老志》也說：「涼州平，徙其國人於京邑，沙門佛事皆俱東，象教彌增矣。」曇曜因此來到平城，並獲得太子知禮。

復佛之後，曇曜踵繼法果「皇帝即如來」理念，建議文成帝在武周塞（即武州山，或作武周山）開鑿五窟大佛，以象徵五帝，期使佛法永世長存，這便是著名的雲岡「曇曜五窟」。

北魏佛教開窟造像工藝，實際是由北涼和西域引入。