沖之鳥是礁或是島，行政院表示優先尊重「聯合國大陸礁層界限委員會」決定，台日將成立海洋事務合作對話機制，議定未來可行漁業模式。總統府也表示，以對話合作取代衝突爭端，本來就是處理國際事務原則。

有民進黨立委不認同，說「礁就是礁」，新政府改變太快。不能因為要維繫台日雙方友善關係，把「肯定句」改成「疑問句」。

國際交涉要有所堅持，否則難成大事。蔡政府既然要等聯合國做決定，那也應要求日本同樣等待。在此之前，日方無權驅趕甚或扣押台灣漁船。五二○前後，新舊政府都提及「聯合國大陸礁層界限委員會」，馬政府宣稱的是，在該委員會審查確定前，日本應尊重我國及其他國家在該海域航行及捕魚權益。

馬政府所宣示的，就是要求日本「也要等待聯合國做決定」。蔡政府則說，尊重該委員會決定，目前沒有法律上的特定立場。無論在兩岸關係或參與國際社會等涉外事務時，民進黨一貫強調維護國家主權。但對於沖之鳥，自我設限，可能損害漁民利益，也限縮了國家主權。

民進黨政府許多涉外事項都預掀「不戰而退」的底牌，如瘦肉精美豬進口「無法抵擋」，沖之鳥則是「沒有法律上的特定立場」。民進黨立委批評，「不能還沒開始協商，我方意見就一直往後退。」如果未來聯合國對沖之鳥做出不利我國的決定，我們將沒有籌碼（硬實力）能與日方談判。

日本曾在二○○八年向「聯合國大陸礁層界限委員會」提案，宣稱沖之鳥礁是島嶼，藉此主張兩百浬經濟海域。聯合國委員會已在二○一二年做出決議，拒絕認定沖之鳥是個「島」，並實質上駁回日本對沖之鳥周遭經濟海域和大陸架的主張。

蔡政府沒有據此堅定捍衛國家及漁民利益，反而宣稱沒有立場，實不可取。以對話合作取代衝突，雖然合理，但沖之鳥目前認定的現狀是「礁」，屬於公海，日本阻擾我們漁民捕魚，明顯違反海洋法公約。

相對於蔡政府的「低調」，時代力量黨主席黃國昌表示，該黨立場很清楚，「沖之鳥是礁，不是島」，不符合「聯合國海洋法公約」對於島的定義。台灣漁民有捕漁權利，不論新舊政府都要堅定護漁。不論是派海巡署船艦強力護漁，或透過外交折衝方式，都要以台灣最大利益作為目標與選擇。

府院種種跡象顯示，新政府有意修補（馬政府）與日方的緊張關係，期能換取某些合作。外交部長李大維證實，台日就沖之鳥附近相關漁權有過諮商，已有初步協議，七月啟動諮商，「不會在談判桌上讓步，政府對於漁民權益絕不打折。」

蔡政府對沖之鳥的「軟主張」，有跡可循。關於南海領土，民進黨內多有「放棄論」，認為國民黨政府在二戰後所提九段線或十一段線的立場，跟今天台灣的政府沒有關係。這樣的切割，一定程度上有「去中華民國化」意涵。如果如此，意識形態將凌駕國家主權，漁民權益就難爭取。