總統大選日近，藍綠選情緊繃，繼工商界跳出來表態後，學術界也連署刊登廣告，支持各自偏好的候選人。

先是一千七百零九位教授支持馬英九，包括中研院院士、教育部國家講座及學術獎教授、卸任與現任大學校長。廣告文強調，學術良心與知識一樣重要，國家領導人的品德比能力更重要；馬總統執政找回了誠實、清廉、正直和關懷等台灣價值。

接著由李遠哲領銜，八十七位學術界人士連署刊登，題為「科學家的良知、蔡英文的承擔」，為蔡英文的人格及宇昌案背書，要大家還給蔡英文公道，不要讓抹黑決定台灣的未來。

一千多名教授支持馬英九的廣告，沒有引起爭論。李遠哲領銜的廣告，媒體則大篇幅報導，問題恐怕在於李遠哲本身的爭議性，他原是學者、科學家，但涉入政治甚深，已是半個政治人。

兩千年大選，李遠哲發表「向上提升或向下沉淪」的呼籲挺陳水扁。扁執政後，李遠哲出任國政顧問團首席顧問，二○○四年大選，雖然扁已紕漏百出，但李遠哲發表書面聲明，仍然助扁。二○○八年謝長廷參加大選，李遠哲表示，四年前挺扁，他有很多疑慮，但相信謝長廷能滿足期許。

科學家應有實事求是精神，既然「有很多疑慮」，為何還要挺扁，這是許多人至今仍有的質疑。日昨民眾投書報端：「即使市井小民，都得面對自己言行，何況是（有良知）科學家？」

也有人在部落格為文指出：「李遠哲識人的眼光，您相信嗎？」質疑李遠哲沒有以理性態度面對政治人物，因為陳水扁如今在監獄內。「一個受長期科學訓練的人，沒有將實證精神用在對人的分析上，恐怕是感性戰勝了理性。」

李遠哲在科學領域的成就受人肯定；但科學知識，或更精確地說，他的化學專業不等於全部。他頂著諾貝爾光環從美國回台，擔任中研院院長，又領導教改。教育不是他的專業領域，教改雖然毀譽參半，但無損於他的地位，畢竟教育是千秋大事，能往前跨一步，總勝過原地踏步。

李遠哲的政治理念，也未必等同於科學知識，不免引起爭議。政治不能在實驗室的燒杯裡驗證，也不是Yes or No那麼容易判斷。科學家至少應如檢警辦案一般，有幾分證據講幾分話。他為宇昌案背書，說科學工作者感觸很深，「生技本無色，但選舉政治踐踏生技幼苗，宇昌案是很好的生技成功典範，卻難逃政治抹黑。」

宇昌案問題在決策過程，而非生技產業本身。科學家應本著學者良知，用理性去研判，而非從政治角度思考。

陳水扁施政遭批評時，李遠哲說：「政綱不一定要兌現」，更使他跳進政治漩渦，捲入政客的口水戰。科學家的理性與感性，無法斷然二選一，但至少不能讓感性變成政治的盲信，壓倒理性。