水墨畫南北兩宗的分類理論，在明朝逐漸形成。但是，一般認為是由董其昌將整個理論作了較有系統的論述。

董其昌在他的《畫禪室隨筆》中說：「禪家有南北二宗，唐時始分。畫之南北二宗，亦唐時分也，但其人非南北耳。北宗則李思訓父子著色山水，流傳而為宋之趙幹、趙伯駒、伯驌，至馬（遠）、夏（圭）輩；南宗則王摩詰始用渲淡，一變鉤斫之法，其傳乃張璪、荊（浩）、關（仝）、郭忠恕、董（源）、巨（然）、米（芾）家父子，以至元之四大家（黃公望、吳鎮、倪瓚、王蒙） 。亦如六祖之後有馬駒、雲門、臨濟兒孫之盛，而北宗微矣。要之，摩詰所謂：『雲石跡，迥出天機，筆意縱橫，參乎造化』者，東坡贊吳道子、王維畫壁云：『吾於維也無間言』，知言哉！」

這段話也放在明朝莫是龍的《畫說》裡，因此也有人認為南北分宗理論是莫是龍提出的。

此論一出，緊接著同時代的陳繼儒、詹景鳳、張醜、唐志契、沈顥等都競相附和。因此形成很受注意的畫論。

這個理論的重要立論基礎是：以禪宗南北兩宗的分法，來分立畫的南北兩宗。

由於南宗禪主張頓悟，北宗禪主張漸修，以此論畫，應當指南宗畫以水墨大寫意為主；而北宗畫當以工整的青綠山水及工筆花鳥為主。所以並不是以南方人或北方人的畫來區分。立意至此尚稱完善。

然而接者提出的幾個北宗及南宗畫家，卻與前面的立論相互矛盾。以鉤斫之法畫山水者，如馬遠與夏圭，將其放在北宗似乎不合道理。

更甚者，董說貶北崇南，竟至影響後來文人畫的發展，而輕視了如馬、夏等人的畫風，這對水墨畫的發展造成了偏頗的影響。

因此，南北分宗的說法，到後來形成兩極的看法，有人贊同，有人卻深不以為然。近代畫家謝稚柳先生，就曾提出極其嚴厲的批判。