依據目前的研究，感染幽門螺旋桿菌時，如同時有下列疾病，才需用藥治療：

‧有幽門螺旋桿菌感染合併有消化性潰瘍的病人。

‧胃低惡性淋巴瘤（MALToma）病人。

‧有嚴重症狀的慢性胃炎等。

至於一般因藥物引起的胃潰瘍病患及無症狀的感染者，倒是不需要殺菌治療。

要根除幽門螺旋桿菌，現在採取三合一療法（一種氫鉀離子幫浦抑制劑PPI加上兩種抗生素），治療七至十天，可達92％以上的療效。但這些根除幽門螺旋桿菌的藥物有時會有頭暈、腹瀉、長舌苔、口中味覺遲鈍、過敏等副作用，幸好這些副作用都是一時的，一旦停藥，不適現象都會隨即消失。

附帶一提，如果要避免感染幽門螺旋桿菌，必須非常注意水的來源及乾淨度，並注意盛水容器的清潔。因為幽門螺旋桿菌在水中一天後，會轉成球形體，寄養在水裡面，存活時間可長達一周以上。

家中如有人感染幽門螺旋桿菌，要注意筷子的清潔，尤其是木筷，只要有水分，幽門螺旋桿菌就會寄生在上面，有機會感染他人。同理，也要注意用餐時的衛生。另外，口紅、口水也可能是傳染媒介，必須多注意。以往的經驗與國內外的研究分析指出，盡量吃得衛生及吃得清淡，才能有效避免感染。