並非每個患者都適合使用癌症標靶藥，目前肺癌、乳癌、大腸癌已經找出明確的生物標記，可評估能否增加病人的腫瘤反應率，如果不符合此標記，建議患者及早尋求其他治療方式，才不會浪費時間與金錢。

　肺癌高居癌症死因之首，台大醫學院院長暨中央研究院院士楊泮池表示，肺癌分為小細胞癌與非小細胞癌兩類，約八成五是非小細胞癌，這類癌症中又有五成為腺癌、四成是鱗狀上皮細胞癌以及一成屬於大細胞癌。

　目前肺癌的標靶藥「艾瑞莎」與「得舒緩」，是以上皮生長因子受體（EGFR）為作用標的，均是EGFR的酪氨酸激←抑制劑。研究發現，約五成女性腺癌患者、三成的男性腺癌患者，檢測有EGFR突變，因此這類患者對標靶藥的反應成效可達八成。

　楊泮池指出，臨床上約有七成肺腺癌患者是第三期之後才發現，導致無法開刀，若檢測有EGFR突變，就會建議使用標靶治療；如果沒有此突變標記，接受化療的成效約百分之三十，若堅持要嘗試標靶治療，成效大概只有百分之五，不建議這類患者去賭這個機率。

　台灣一年約新增七千五百名乳癌患者，其中近三成患者的HER2基因檢測為陽性，由於HER2強烈表現與癌細胞的繁殖、轉移與抗藥性有關聯，高雄醫學大學附設醫院癌症中心主任侯明峰表示，這類患者的荷爾蒙接受體為陰性，因此荷爾蒙治療效果極差，目前發現化療合併使用標靶藥「賀癌平」，能降低復發、延長存活時間。

　近年來發生率躍居第一位的大腸癌，標靶藥「爾必得舒」也有一定的適用對象，台灣癌症基金會執行長、萬芳醫院癌症中心副主任賴基銘表示，此標靶藥是一種表皮生長因子抑制劑，大腸癌患者可採用K-ras基因檢測，如果屬於基因未突變的野生型，用藥縮小腫瘤的效果就會非常顯著，可望爭取開刀切除的機會；反之若有檢測出突變，使用此標靶藥沒有療效，建議尋求其他的治療方式。