胃食道逆流患，經藥物治療以及行為改善後，約有八成的病人會獲得良好的改善；但仍有一成五至二成的病人，會維持嚴重的症狀，此時或許可以考慮施以「腹腔鏡抗胃食道逆流手術」。

嚴重的胃食道逆流症候群患者，在喉內視鏡檢查下，通常可以發現食道開口處的黏膜充血發紅，如果患者合併有腹部不適、黑便等情形，就應該請腸胃科醫師安排上消化道內視鏡檢查，也就是一般所稱的胃鏡檢查。

除了患者個體呈現某些特異症狀之外，臨床上還可以利用食道壓力測量器，來偵測食道下端壓力是否有異於正常的降低現象。

宏恩醫院家庭醫學科主任譚健民醫師指出，一般說來，胃食道逆流患者大多不需要手術治療。但對於嚴重個案並經藥物治療無效者，則可考慮採取胃底折疊術手術治療。

這種新式的腹腔鏡手術，只需在病人的腹部開大約四個0.5至1公分的傷口，利用腹腔鏡將「胃底」部分包圍住食道下端，以增加此處阻力，減少逆流，根據文獻的研究，手術後患者滿意度高達九成五以上。