胃食道逆流疾病治療的目的，主要是在防止逆流發生，以及減低逆流物質對食道的刺激。

因此，宜儘量採取少量多餐的飲食習慣，睡前二至四小時不要吃宵夜，同時不暴飲暴食，避免飯後運動或平躺下來睡覺，腰部的衣物勿太過緊密貼身，以免壓迫腹腔；睡眠時應利用重力原理，將床頭抬高十至十五公分左右（將頭頸部以及上背部墊高），以減少逆流的發生。

再者，應儘量避免某些會引起下食道括約肌放鬆的食物，例如：富含脂肪食物、吸菸、喝酒、咖啡、巧克力、薄荷糖、濃茶、可樂、蕃茄汁、柳橙汁、過甜或過膩的食物，至於肥胖的罹患者，當務之急則是減肥。

臨床上，某些特定藥物包括有抗胃腸痙攣劑、支氣管擴張劑、鎮定劑、鎮痛劑（尤其含有鴉片類似成分）、抗高血壓藥（鈣離子阻斷劑以及甲型或乙型腎上腺拮抗劑），甚至避孕藥中的黃體素，亦會導致胃食道逆流疾病的病變。假若罹患者症狀未能改善，甚至有合併症出現，則需要會診外科醫師來施行手術，矯正食道下端括約肌的功能。