至於藥物控制的部分，有五個主要的類型：口服抗組織胺、去鼻充血劑、抗組織胺鼻噴劑、類固醇鼻噴劑和欣流。這五種藥物經過許多研究比較後發現：還是以類固醇鼻噴劑最有效。

口服抗組織胺

抗組織胺是對付鼻子症狀最常被使用的藥物。抗組織胺有兩種

：第一代的短效型抗組織胺，以及第二代的長效型抗組織胺。

第一代短效型抗組織胺，一天要吃三到四次，效果好，作用快，缺點是會頭昏腦脹想睡覺，而且可能影響腸胃功能。短期使用沒問題，長期使用可能會影響兒童的認知功能及學業表現。

第二代長效型抗組織胺，一天只要吃一或兩次，作用緩和，除了對打噴嚏沒有幫助外，對流鼻水、鼻子癢都有幫助，長期使用相對上比第一代副作用少。

不管是第一代或第二代抗組織胺，對於鼻塞都沒有效，除非與去鼻充血劑合併使用。

去鼻充血劑

去鼻充血劑一般含有類麻黃素，可以讓鼻塞充血得到緩解。現在已經很少人單獨使用去鼻充血劑了，通常和抗組織胺做成「複方」藥物。然而，去鼻充血劑副作用很多，如心悸、手抖、坐立不安、失眠等等，因此不建議使用在二歲以下的幼童。

抗組織胺鼻噴劑

和口服效果幾乎雷同，作用比口服快，副作用較少，缺點是很味道很苦，小朋友通常不愛。

類固醇鼻噴劑

類固醇鼻噴劑是治療過敏性鼻炎最有效的方法。兒科最常使用的兩種鼻噴劑mometasone及fluticasone，研究顯示，都不會影響兒童的生長。長期使用類固醇鼻噴劑，對於打噴嚏、流鼻水、鼻塞、揉鼻子、黑眼圈等症狀皆有效果，是治療過敏性鼻炎的最佳選擇。臨床上碰到最大的阻力，是小朋友不喜歡噴劑的「感覺」，以及藥的味道。不過目前已經有一種新的噴霧型鼻噴劑，可將不適感降到最低。

欣流

欣流對於過敏性鼻炎的效果不算太好，只對鼻塞有一點點幫助，而且只針對六歲以上的兒童。

長期治療過敏性鼻炎，除了類固醇鼻噴劑之外，還有一個選項就是「減敏治療」。減敏治療的原理，就是把塵←抗原（或其他過敏原）反覆的用皮下注射、鼻腔給予，或者舌下吞嚥的方式，讓身體愈來愈習慣於暴露這些過敏原，進而產生減敏的效果。

減敏治療對於過敏性鼻炎，經醫學證實是有效的。然而，不管是皮下減敏或者鼻腔／舌下減敏，治療時間都很長（三年以上），並且有時會突然引發過敏反應，因此，仍應保留到傳統藥物治療皆無法有效控制病情時，才選擇使用。另外，五歲以下的小孩並不建議給予減敏治療。

鼻沖洗液對過敏性鼻炎也有「些微幫助」。至於雷射手術，除非您經過傳統治療皆無效，或者鼻中隔有嚴重彎曲，長了贅瘤，或者嚴重感染等等特殊狀況，才會送去雷射手術或開刀處理，其他民俗療法，包括針灸等等，都證實沒有效果。坊間流傳益生菌對過敏性鼻炎有幫助，和氣喘病一樣，其效用也並未經過醫學證實。如果家庭經濟許可，吃一個月看看，沒效果就放棄吧！