因應國體法修法，國內有72個特定體育團體（協會）必須改選，但目前為止只有58個協會完成改選（未含棒協）；尚未完成改選的14個協會中，又以足球協會、跆拳道協會的爭議較多。

中華足球協會改選因台日關係會會長邱義仁等人資格遭否決，引發風波，國際足球總會（FIFA）、亞洲足球聯盟（AFC）甚至在上個月派專人來台了解、協助。

FIFA已在5月5日回函足協，針對足協改選之會員、參選資格做出認定，推翻足協原本對「候選人需有會員資格」的限制，體育署也因此要求足協，需在臨時會員大會後，重新公告會員人數、參選人資格，並受理理事長及理監事參選登記。

體育署署長林德福表示，FIFA回函足協之內容及其建議採取的步驟，體育署表達感謝及認同，將依據國體法第42條第2項「特定體育團體受國際規範者，應依該組織之章程及其相關規定辦理」之規定，督促足協盡快辦理。

為了加速改選作業，體育署已草擬「中華民國足球協會第12屆理監事改選」時程表，預計7月6日辦理選舉。

而跆拳道協會在4月底進行會員代表投票，但當天投票時間與之前的書面通知內容不同，引發爭議，辦理台北市選務的工作人員雖仍完成開票作業，但不滿的會員提出選舉無效之申訴。

這次選舉結果未被跆拳道協會承認，由於台北、台中與苗栗3個縣市，並未依規定選出會員代表，原定5月20日改選的計畫，也被迫延後，將延到6月3日舉行。