教育部長潘文忠請辭獲准。他在聲明中清楚表達是因為台大校長管中閔一案請辭，他認為管案已演變成「政治操作」；對潘文忠的請辭表達「勉予同意」的行政院長賴清德則認為，潘文忠以去職為「未來大學校長遴選畫出符合社會要求標準」，體諒潘的用心良苦，並且「尊重、欽佩」。

台大校長當選人管中閔在今年一月五日經「台大校長遴選委員會」選出，本來預計在二月一日上任，不過，由於後續有各式各樣對管中閔的指控，包括他未揭露擔任台灣大哥大的獨立董事、論文涉及抄襲，以及到大陸授課等，教育部認為管中閔有諸多事項未釐清，因此一直不願核發聘書。

管案已引起社會的對立，一方認為政府惡意甚至是違法卡管，因為按照《大學法》的規定，校長遴選委員會是決定公立大學校長的最高單位，對於公立大學校長的聘任與否，教育部只具有「核備權」，而沒有「准駁權」，因此，在遴委會及台大校務會議三番兩次依照教育部要求，就管中閔所涉的被指控案，提出正面、無疑義的解釋後，教育部就應該發予聘書。

另一方則認為，管中閔本人應該針對外界種種質疑，出面公開解釋清楚，這才是負責任的做法。從潘文忠辭職聲明書的內容及賴清德的評論可知，政府支持且堅持後者觀點，認為此事非管中閔自己出面說清楚不可。

姑不論孰是孰非，由於教育部遲遲不做決定，讓各個單位一起攪入其中，造成管案愈來愈複雜、治絲益棼，不但已成為政府的燙手山芋，更讓社會充滿波譎雲詭的氛圍，則是不爭的事實。難怪無論是反對或贊成卡管的人，都認為潘文忠應該辭職。

管案並不會因潘文忠去職而告一段落，除了新任教育部長依然必須就管中閔能否上任，做出決定之外，本來就因藍綠政治立場不同而長期對立的台灣，因這個事件更顯分裂，讓社會再一次陷入「公說公有理、婆說婆有理」；無法溝通的困局，激起相對立場的人更多激烈的情緒，執政者需要好好反省。

教育部這次公然把手伸進台大，企圖推翻、掌控台大校長遴選的結果，已嚴重侵蝕大學自主。民進黨在野時期曾全力爭取大學自主，沒想到執政後，卻用盡各種手段摧毀。

因為管中閔案，讓內政部長葉俊榮曾在大陸講學的紀錄，也被翻了出來，風波不斷擴大，網路上已出現過去曾在大陸進行各種形式的學術交流的民進黨政府官員名單，讓學術界人人自危，急於撇清與大陸間曾有的交流活動與關係，這真是學術界的不幸。

兩岸官方已幾近互不往來，民間交流成為彼此間重要的互動管道，特別是學術交流可以促進了解、提升學術成長，如今卻因政府似乎有意以卡管引發寒蟬效應；未來可能會有教師、研究者為了避免麻煩，寧願選擇不與大陸往來，難道政府希望此後台灣的學者都不要再赴大陸、不進行學術交流嗎？學術超越政治、更不應該分藍綠，為了卡管，因噎廢食，等於是強迫學術界自我設限。

管案已延伸出多重傷害，讓人十分憂心台灣未來的學術界會變得固步自封，甚至民主倒退，影響深遠、絕不可小覷。