以下針對兩大石窟的異同略加比較：

一、開窟時代及歷時性

雲岡石窟開鑿在五世紀至六世紀約七十年間，分為三期：第一期是位於西部東頭的曇曜五窟；第二期為中部和東部石窟群；第三期開鑿於孝文帝太和十八年（四九四）遷洛之後，主要在最西部的洞窟，也有補刻的小龕散布在第一、二期窟間，當時開窟造像已趨於沒落。

敦煌石窟以莫高窟來說，始於北涼，歷經北魏、西魏、北周、隋、唐、五代、宋、西夏、元等朝代，一千多年不停營建，開窟比雲岡早，歷時更長，同時代的石窟，並不像雲岡石窟群較密集緊鄰，又多有經後代重修的現象。一九八七年列入聯合國世界文化遺產名錄，比雲岡二○○一年列入，早十四年。

二、地理方位皆背山面水

武周山是北魏神山，明元帝未即位前，已禱於此山，山前有武周川流過，曇曜選擇此山開窟，石窟坐北朝南，猶如一國之君南面而王。武周川（今稱十里河）原流經窟前，金時在石窟西築壩，改道南流，已不會危及石窟。

人類生活缺少不了水，敦煌石窟群是開鑿在屬於疏勒河流域的崖面、峽谷上，各有宕泉河、榆林河、黨河、昌馬河流經。例如莫高窟坐西向東，位處敦煌盆地之南，鳴沙山東麓崖面，下臨宕泉河，原作「漠高窟」，指沙漠高處之意；目前所見宕泉河已乾枯，偶發暴雨才有滔滔河水。

三、崖體與洞窟形制有別

雲岡武周山岩層屬於砂岩，雕鑿之後容易崩塌和風化，故後世又有補泥彩繪，而一旦泥土脫落，便見佛像上被侵蝕得坑坑洞洞。

敦煌石窟屬於沙礫岩，由積沙和卵石沉澱粘結而成，不適合雕刻。所以開鑿洞窟之後，在壁頂和牆面抹泥塗白粉，使壁面平整再作畫或雕塑。繪畫費工少，更易於描繪細節，至於雕塑一般是木骨泥塑，也有部分是石胎泥塑。

雲岡石窟的形制分三期，第一期外壁滿雕千佛，各窟都是橢圓形的穹窿頂，前有洞門和明窗，主尊形體高大，占據了窟內主要位置。第二期石窟大多方形平面，具前後室，中心塔柱式，有的在後壁開鑿隧道式的繞佛走道，此在敦煌石窟亦可見。第三期石窟主要特點是不成組的窟、中小型窟、補刻的小龕多。洞窟內部日益方整，窟門外崖面上出現了雕飾，愈晚愈繁縟。

敦煌石窟主要有前室、甬道、主室。前室是在主室之前的活動空間，像榆林窟各洞窟在主室之前均有一個完整的前室，形成「古」字形結構；莫高窟很多前室可能是借助木構窟簷來達到完整前室的效果。甬道是石窟前室與主室之間或石窟與石窟之間的內部通道，根據石窟開鑿規模深淺不一；初唐之前的甬道開口較大，由於早期甬道殘損嚴重，現在莫高窟所見的甬道多是晚唐、五代、西夏進行改制。主室是石窟造像及壁畫繪製的主要場所，有窟門及甬道與前室相通；根據結構，其形制有中心塔柱窟、禪窟、覆斗頂窟、殿堂窟、大佛窟、涅槃窟等。